История заполярной авиации неразрывно связана с историей развития Депутатского месторождения. В 50-е годы 20-го века начинается освоение месторождения Депутатское, а без авиасообщение построить город за полярным кругом было невозможно. Самолётами всегда доставляли бочки с горюче-смазочным материалами, запчасти для техники и промышленных приборов, продовольствия: все, что было так необходимо первопроходцам – полярным геолога и строителям.
В Депутатский самолёты летали с посёлка Ожогино, расположенного примерно в 400 км. Своей полосы у Депутатского ещё не было, поэтому бочки сбрасывали на парашютах или без них, что было крайне неудобно и создавала массу проблем. Место для строительства выбрали площадку у реки Иргичан, куда производились первые посадки самолётов. 1951 г. считается годом рождения аэропорта Депутатский, а в 1956-м году началось строительство первого аэровокзала.
9 октября 1966 г. на базе 6-й объединенной авиационной эскадрильи был создан Батагайский авиаотряд, в который вошёл и аэропорт Депутатский, наряду с аэропортами Батагай, Нижнеянск, Верхоянск, Казачье, Усть-Куйга и Саккырыр. В 1967-м году строится взлётно-посадочная полоса, способная принимать тяжелые транспортные самолёты. Уже вскоре с грузом для горняков здесь приземлился первый самолёт Ан – 12.
В период 1980-х вспоминают как золотые годы для Депутатского. В аэропорту создается Депутатская объединенная авиационная эскадрилья. Сюда переводят вертолёты Ми-8 из Батагай. Парк авиатехники пополнится двумя самолётами Ан-2 и восьмью вертолётами Ми-8. На внутренних воздушных линиях работал и чехословацкий L – 410. Активно строилась инфраструктура аэропорта. В 1986 году сдаётся в эксплуатацию новый аэровокзал.
Идёт реконструкция заправочных станций, монтируются на каждой стоянке аэродромные источники питания для запуска самолётов и вертолётов. В эти годы основной задачей коллектива аэропорта Депутатский был прием и коммерческое обслуживание грузовых самолётов, перевозящих технические груза для освоения богатейшего оловорудного месторождения.
В 1997 году аэропорт преобразуются в Депутатский филиал ГУП АК «Полярные авиалинии», однако уже в две в 2000-м году выходит из его состава, преобразуясь в государственное предприятие «Аэропорт Депутатский». В 2005-м году было возведено новое здание аэропорта, а с 2007-го года аэропорт стал филиалом Федерального казённого предприятия «Аэропорты Севера». Сегодня на территории района работают авиационный компании «Якутия», «Полярные авиалинии», «ИрАэро», выполняющие рейсы как внутри Усть-Янского района, так и за его пределами.